海藻育苗的另一种方法是流水式育苗，即培育海水不停地流动，这一类又可分为3种，第一种是封闭式流水育苗法，即海水在育苗系统内循环流动使用，只是定期更换一部分海水，或添加一部分新水，育苗水墓本是在一个封闭系统内，第二种是敞开式流水育苗法，即海水从育苗池的一端进来，从另一端排出就不回收了，因而从育苗池内流过的海水都是新鲜海水，这种育苗方式的成本最高，我国南方育海带夏苗，由于病害问题尚未解决，为了改善水质条件，在夏苗培育的后期就采用敞开式，第三种是半敞开式流水育苗法，即每天更换一定量的海水，把新水加到陈水中一起在育苗系统中循环利用，我国海带夏苗的培育基本上就是这种方式。

另外，根据育苗海水的温度情况又可分为常温育苗、升温育苗和降温育苗三种方式，常温育苗就是自然海水的温度多高就多高，象江禽、紫菜、裙带菜等的育苗都是采用常温育苗法，升温或降温育苗都是特殊的育苗方法，都是因为海藻的幼体生长发育的需要，我们人工创造温度条件，如海带的幼体不能忍耐夏季的高水温，我们要在夏季培育幼体就必须把海水温度降下来，一般要降到10℃以下，这样幼体才能渡过高水温期。